Kontrola kvalitete RNA i mikroRNA izoliranih iz uzoraka tkiva fiksiranih formalinom i uklopljenih u parafin i egzosoma pacijenata s kolorektalnim karcinomom

diplomski rad

• Naslov (engleski): Quality control of RNA and miRNA isolated from formalin-fixed paraffin embedded tissue and exosome sample of patients with colorectal carcinoma
• Autor: Antonija Mikačević
• Mentor: Andrea Hulina Tomašković (mentor)
• Član povjerenstva: Andrea Hulina Tomašković (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Marija Grdić Rajković (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Lovorka Vujić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Farmaceutsko-biokemijski fakultet; (Zavod za medicinsku biokemiju i hematologiju); Zagreb
• Datum i država obrane: 2024-10-03, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO; Farmacija; Medicinska biokemija

Sažetak

Egzosomi su membranom omeđene izvanstanične vezikule promjera 30-150 nm. Iz ishodišnih stanica prenose različite biomolekule (proteine, lipide, nukleinske kiseline), uključujući i miRNA čija je uloga regulacija staničnih procesa i aktivnosti gena. Zbog tih svojstava, egzosomi su predmet istraživanja kao potencijalni cirkulirajući biomarkeri za maligne bolesti i druga patološka stanja. Izvor molekula RNA u dijagnostici malignih bolesti su i tkiva fiksirana formalinom i uklopljenja u parafin (FFPE, engl. formalin-fixed paraffin embedded). U postupku izrade FFPE tkiva može doći do degradacije molekula RNA uslijed fiksacije formalinom. Molekule RNA izolirane iz egzosoma i FFPE tkiva mogu sadržavati onečišćenja koja predstavljaju interferencije u molekularnim analizama, ali i pri tumačenju rezultata. Cilj ovog rada bio je odrediti kvalitetu RNA i miRNA pomoću Agilent 2100 Bioanalyzera metodom mikrokapilarne elektroforeze i procijeniti prihvatljivost za daljnje molekularne analize. Određene su koncentracija, kvaliteta i čistoća RNA i miRNA izoliranih iz uzoraka FFPE tkiva i egzosoma 13 pacijenata s dijagnosticiranim CRC-om. Određivanjem DV200 utvrđeno je da su 4 uzorka loše kvalitete i nisu adekvatna za daljnje primjene. Na dobivenim elferogramima nisu uočeni jasni vršci miRNA, a mogući uzroci su prisutnost više vrsta malih RNA ili niska koncentracija miRNA u uzorku.Više koncentracije RNA i miRNA izmjerene su u uzorcima FFPE tkiva nego u egzosomima. Izmjeren je veći udio miRNA u uzorcima FFPE tkiva nego u egzosomima. Očekivana degradacija RNA molekula iz FFPE tkiva potvrđena je izmjerenim niskim RIN vrijednostima, no uzroci su prihvatljivi za daljnje molekularne analize. Iz dobivenih rezultata može se zaključiti da su molekule RNA iz FFPE tkiva degradirane, ali dovoljnog prinosa za daljnje analize.

Sažetak (engleski)

Exosomes are membrane-bound extracellular vesicles with a diameter of 30-150 nm. Exosomes transport different biomolecules, such as proteins, lipids and nucleic acids, including miRNA, which regulates cellular processes and genes. Therefore, there is a lot of research of exosomes as potentional circulating biomarkers for malignant diseases and other pathological conditions. Formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissues are another source of RNA molecules in diagnostics of malignancies. Degradation of RNA molecules could occur during the preparation of FFPE tissue due to formalin fixation. RNA molecules isolated from FFPE tissues and exosomes can contain contaminants that interfere in results interpretation and following molecular analysis. The aim of this study was to determine quality of RNA and miRNA isolated from exosomes and FFPE tissues using microcapillary electrophoresis on Agilent 2100 Bioanalyzer and evaluate their acceptability for further analysis. The concentration, quality and purity of RNA and miRNA isolated from 13 FFPE tissue and exosome samples of CRC patients were measured. The DV200 value showed that 4 of 13 samples had low quality and were inadequate for further analysis. Distinct miRNA peaks weren't detected on elpherograms, which could be a result of different sRNA molecules present, or very low miRNA concentration in sample. Higher concentrations of RNA and miRNA were determined in FFPE samples than exosomes. The percentage of miRNA was also higher in FFPE samples than exosomes. Expected RNA degradation was confirmed by low RIN-values, but samples were adequate for further analysis. The results showed that RNA molecules isolated from FFPE samples were degraded, but their yield was sufficient for further molecular analysis.

• Ključne riječi: RNA; miRNA; egzosomi; FFPE tkiva; mikrokapilarna elektroforeza
• Ključne riječi (engleski): RNA; miRNA; exosome; FFPE tissue; microcapillary electrophoresis
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:163:842733
• Studijski program: Naziv: Medicinska biokemija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: integrirani prijediplomski i diplomski; Akademski / stručni naziv: sveučilišni magistar medicinske biokemije i laboratorijske medicine (univ. mag. med. biochem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-11-22 12:34:31