Predanalitički čimbenici u analizi cfDNA

diplomski rad

• Naslov (engleski): Preanalytical factors in cfDNA analysis
• Autor: Iva Hlapčić
• Mentor: Sandra Šupraha Goreta (mentor)
• Član povjerenstva: Sandra Šupraha Goreta (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Olga Gornik (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Nada Vrkić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Farmaceutsko-biokemijski fakultet; (Zavod za biokemiju i molekularnu biologiju); Zagreb
• Datum i država obrane: 2018-02-26, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO; Farmacija; Medicinska biokemija

Sažetak

Karcinom dojke najučestalije je maligno oboljenje u Hrvatskoj, a dijagnoza se vrlo često postavlja kasno što utječe na daljnji tijek bolesti. Važno je poboljšati laboratorijsku dijagnostiku da bi se otkrile i standardizirale metode koje bi omogućile specifično i rano postavljanje dijagnoze. Biomarkeri, koji se danas koriste, naišli su na svoja ograničenja, stoga se želi unaprijediti laboratorijski proces u ranom otkrivanju karcinoma dojke kao i svih ostalih malignih bolesti.
Slobodna cirkulirajuća DNA, cfDNA, potencijalni je biomarker karcinoma budući da se velikim dijelom u cirkulaciju otpušta iz tumorskog tkiva. Prednosti, u odnosu na trenutno poznate biomarkere, su u tome što je metoda neivazivna jer je potreban samo uzorak krvi, daje uvid u trenutni molekularni status što omogućuje personalizirani pristup, bolje praćenje statusa bolesti i terapije.
Ovim radom željelo se ispitati kako predanalitička faza utječe na kvalitetu i kvantitetu cf DNA. Koristili su se uzorci plazme i seruma pacijentica s karcinomom dojke sa i bez metastaza te kontrolni zdravi uzorci. Uzastopnim odmrzavanjem i zamrzavanjem uzoraka vidjelo se da se time narušava integritet DNA pa tako i kvaliteta te kvantiteta izoliranog materijala. Primjenom dviju vrsta kolona za izolaciju, ustanovljeno je da je za izolaciju cf DNA potrebno koristiti specifične kolone namijenjene za cfDNA da bi doprinos bio veći jer genomska DNA nepovoljno utječe na izolaciju cfDNA. Nadalje, različiti stadiji bolesti utječu na integritet cfDNA što otežava izolaciju. Dodatno se javlja problem povećane koncentracije cfDNA kod zdravih pojedinaca što znači da postoje fiziološka stanja popraćena povećanom koncentracijom cfDNA. Svi navedeni rezultati ukazuju na potrebu za specifičnim genetičkim analizama.

Sažetak (engleski)

Breast cancer is the most common malignant disease in Croatia and it is often diagnosed too late which affects the course of disease. It is important to improve laboratory diagnostics to detect and standardize methods that would allow a specific and early diagnosis. The biomarkers, that are used nowadays, have their limitations, so there is an urge in advancing the laboratory process of early detection of breast cancer as well as other malignant diseases.
Free circulating DNA, cfDNA, is a potential cancer biomarker since it is released into the circulation from tumor tissue. The advantages over the currently-known biomarkers are that the method is non invasive because only blood sample is needed, it provides an insight into the molecular status at theparticular moment and enables personalized medicine, better monitong of disease progression and therapy.
This research investigated how the pre-analytical phase affects the quality and quantity of cfDNA. Samples of plasma and serum from breast cancer patients with and without metastases were used as the samples from healthy controls. Several freezing and defrosting affected in a way that the quality and quantity of DNA were poor. Two different colons for isolation were used. It was found that isolation of cfDNA requires specific columns intented for specific isolation of cfDNA so that DNA yield would be bigger and more stable despite the presence of genomic DNA. Moreover, different stages of the disease affect DNA integrity which makes isolation more difficult. In addition, there is a problem of increased cfDNA concentration in healthy individuals which means there are some physiological states with elevated cfDNA concentration. All these results suggest specific genetic analysis.

• Ključne riječi: slobodna cirkulirajuća DNA; cfDNA; predanalitički čimbenici
• Ključne riječi (engleski): cell-free DNA; cfDNA; preanalytical factors
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:163:519750
• Studijski program: Naziv: Medicinska biokemija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra medicinske biokemije (mag. med. biochem.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2018-12-13 16:03:26